Optimální teplota pro rychlé vyklíčení semen je 25°C u běžných rajčat, 25 – 28°C u divokých rajčat. Divoká rajčata navíc k vyklíčení potřebují střídání teplot. Půl dne 25 – 28°C a půl dne 15 – 20°C. Bez teplotních výkyvů většinou klíčí špatně a pomalu, někdy vůbec. Jakmile semena vyklíčí, teplotu můžete snížit a stabilizovat. Již vyrašeným rostlinám bude stačit 18 – 20 °C.